Katedra Botaniki i Ochrony Przyrody była jedną z pierwszych powołanych jednostek Wydziału Biologii US. Założycielem Katedry, a przy tym współorganizatorem Wydziału był przybyły z ówczesnej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Kielcach prof. dr hab. Tadeusz Głazek. Począwszy od wiosny 1986 r. profesor Tadeusz Głazek organizował w Szczecinie zespół botaników, rekrutujący się głównie z absolwentów Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Prace badawcze nowego zespołu koncentrowały się na badaniach florystycznych, populacyjnych, ekologicznych i fitosocjologicznych.
W roku akademickim 1986/1987 rozpoczęły się pierwsze zajęcia dydaktyczne z botaniki ogólnej, w następnych latach także z botaniki systematycznej, fitosocjologii i kartografii geobotanicznej, ekologii oraz ochrony przyrody. Katedra nosiła wówczas nazwę Zakładu Botaniki Ogólnej, który w 1989 roku, po reorganizacji Wydziału, został podzielony na dwie jednostki: Katedrę Botaniki Ogólnej i Katedrę Taksonomii Roślin i Fitogeografii. Po śmierci prof. Tadeusza Głazka w 1997 roku kuratorem Katedry był prof. dr hab. Maciej Rogalski, w latach 1997-2006 funkcje kierownika pełnił prof. dr hab. Stefan Friedrich, a od lutego 2006 – dr hab. Agnieszka Popiela, prof. US. We wrześniu 2004 r. zmianie uległa nazwa jednostki na Katedrę Botaniki i Ochrony Przyrody. Do ważnych osiągnięć naukowych Katedry należy pierwsza w Europie Środkowej analiza historii zasiedlania dużego obszaru geobotanicznego (Pomorze) przez gatunki leśne w okresie holocenu. Popiela A. 2004. Phytogeographical aspects of distribution of forest species in the Pomerania region (NW Poland). Bot. Jahr.125 (2): 97-228 autorstwa Agnieszki Popieli.
Aktualnie prace badawcze jednostki:
FLORYSTYKA, FITOGEOGRAFIA, FITOSOCJOLOGIA
– Fitogeograficzne aspekty występowania gatunków lasów liściastych i borów na Pomorzu.
– Fitogeografia i fitosocjologiczne uwarunkowania występowania gatunków zbiorowisk namułkowych z klasy Isoëto-Nanojuncetea na półkuli północnej.
– Zbiorowiska z klasy Isoëto-Nanojuncetea występujące w Polsce.
– Rozmieszczenie na Pomorzu roślin naczyniowych z klasy Oxycocco-Sphagnetea i Scheuchzerio-Caricetea fuscae.
– Flora jezior ramienicowych Pomorza. Rozmieszczenie gatunków wodnych na Pomorzu.
MIKOLOGIA
– Macromycetes wybranych biocenoz Pomorza: taksonomia, ekologia i rozmieszczenie geograficzne.
AEROBIOLOGIA
– Analiza stężenia spor grzybów mikroskopowych i ziaren pyłku taksonów alergogennych w powietrzu Szczecina. Wpływ warunków pogodowych na stężenie ziaren pyłku.
– Badanie zależności pomiędzy zagrożeniem alergenami pyłkowymi a zanieczyszczeniami powietrza i warunkami pogodowymi w Szczecinie.
Prognozowanie i modelowanie stężeń pyłku roślin w powietrzu.
OCHRONA PRZYRODY
– Ochrona roślin naczyniowych i grzybów.
– Konserwacja muraw kserotermicznych.